для этого вам достаточно добавить в конфигурацию apache инструкцию, которая запрещает переность свойства .htaccess лежащего в корне, на вложенные директории:
или вы можете просто запретить rewriting в нужной вам директории:
кроме того, если вы имеете доступ к редактированию конфигурации вашего apache, старайтесь избегать использования файла .htaccess вообще, а все нужные настройки делайте через редактирование httpd.conf. Если у вас не очень быстрый сервер, то отказ от использования .htaccess позволит вам в разы увеличить скорость работы apache...
а вот и еще один вариант, - явно указать, для какой директории применять правила:
Apache module mod_rewrite